En matière de pédologie, les sols de la région sont composés par trois grands types de sols, d'origine ferrugineux tropicaux :
- les sols des tanety latéritiques rouges, qui dominent en petite partie sur Ambato Boeni, Soalala, Mitsinjo, Marovoay et Mahajanga II.
- les sols hydromorphes des bas-fonds ou de plaines, qui occupent en général les parties amonts où commencent les mangroves, c'est-à-dire quelques kilomètres des embouchures des grands fleuves : Mahavavy, Betsiboka et Mahajamba .
- les baiboho, qui se trouvent sur les bourrelets de chaque berge des grands fleuves précédents.
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